Conformada por las instituciones y agencias miembros del Secretariado Rural, es la instancia máxima de toma de decisiones; acuerda y define lineamientos programáticos, objetivos, políticas generales y normas, y aprueba planes. La Asamblea reunida una vez al año, designa a los miembros de los subcomités directivos de Perú y Bolivia por un mandato de tres años, aprueba la incorporación de nuevas instituciones y agencias de cooperación.